嘴巴疱疹可以遵医嘱局部外用药物，如用阿昔洛韦软膏进行涂抹。也可以口服阿昔洛韦、伐昔洛韦、更昔洛韦等药物。还可以使用溃疡类的药物，如溃疡散或硼酸溶液清洁嘴唇表面，这样能够促进愈合。如果出现大面积的感染，可以使用注射用的药物，如单磷酸阿糖腺苷。