50%以上的食管闭锁患儿有其他先天性畸形，其中最常见的是心脏畸形，其次是消化道畸形；如果合并心脏畸形，孩子的心脏功能会减弱，血氧供应也会困难。一般来说，它可以通过超声波检查发现。如果合并消化道畸形，早期很难发现，但只有食管闭锁手术后才能发现。