治疗慢性结肠炎的方法为可以采取服用药物的方式来进行治疗，例如抗感染的药物——甲硝唑。也可以首先找出病因，然后做到对症治疗，从而缩短治疗的时间。还可以清除肠道内的毒素，改善状况。如果拖的时间过长，想要根治就很困难，所以一定要坚持进行治疗。