真菌性角膜炎发病缓慢，开始时症状可能不明显。可能有角膜刺激症状，如疼痛、怕光和流泪，但并不特别明显。但是，病程相对较长，可持续2-3个月，其分泌物相当脏，这与其他角膜炎不同。如果引起角膜溃疡，溃疡面粗糙肮脏，这会与其他角膜溃疡的角膜炎不同。