肛瘘手术的出院时间主要取决于术前肛瘘的严重程度和术中肛瘘的伤口大小。肛瘘分为单纯性低位肛瘘和高位复杂性肛瘘。单纯低位肛瘘的恢复时间通常比高位复杂性肛瘘短，低位肛瘘的住院时间一般在2周左右，而高位复杂性肛瘘的住院时间可能需要20天甚至1个月。