肛瘘手术的费用因不同的医院和治疗方法而异。肛瘘手术的费用一般在3000-10000元左右。传统的肛瘘手术，如肛瘘切开术和肛瘘挂线术，费用约为3000元；一些新开展的肛瘘手术，如纤维蛋白胶填塞和填塞，材料昂贵，肛瘘手术费用一般在1万元左右。