引起肝内胆管细胞癌的病因有:1.先天性的胆总管囊肿；2.慢性胆管炎；3.原发硬化性胆管炎；4.肝内胆管结石；5.各种原因的肝硬化；6.慢性病毒性肝炎，如慢性乙肝、慢性丙肝；7.遗传因素；8.寄生虫感染；9.致癌物，如氧化钍，亚硝胺等。