无论手术多么成熟都或多或少会有一些后遗症。例如，术后角膜感染与术后使用的不规则滴眼液或不良的卫生习惯有关，如术后角膜混浊，与术后未能定期开激素滴眼液有关，如术后视力减退(近视视力减退)，这与术前近视程度不完全稳定或过高有关。最常见的术后并发症是干眼症，这是由角膜基质中的神经末梢损伤引起的。这种干眼症可以在术后三个月到六个月内完全恢复。