慢性肠炎是指长期出现腹泻及腹痛的症状，其治疗方式要根据具体病因来决定。假如是感染性肠炎，主要是使用抗生素进行抗感染治疗。而假如没有病原菌的感染，是功能性的腹泻，往往是由肠易激综合征导致的，治疗肠易激综合征没有特殊的药物，只能通过改善饮食以及调节肠道菌群来缓解。