肾结石手术的并发症有:1.结石残留。由于结石较大较多，无论何种手术方式，均存在结石残留的可能。另外，由于肾脏解剖结构个体差异性较大，手术时可能无法找到结石。2.出血，肾脏血供较丰富，结石手术是很容易损伤肾脏，引起大出血。特别是经皮肾镜碎石术。3.感染，一般结石内含有大量的细菌，碎石过程中结石内的细菌和毒素会释放出来，引起感染、发烧等，甚至感染性休克危及生命安全。