手术是目前效果最好的治疗方法。良性的和绝大多数侵袭性胸腺瘤也就是恶性胸腺瘤可以通过手术获得很好的预后，可以治愈或者术后很长时间不出现复发或者转移。根据胸腺瘤恶性程度的不同、手术是否完整切除等，出现复发或者转移的几率也不同，目前认为术后放疗可以降低术后复发或者转移的几率。对于恶性胸腺瘤有些患者化疗有效，但是总的来说，化疗效果不佳。