体外冲击波碎石术对人体组织器官有一定的损伤，应用不当也可能导致各种损伤，如肾损伤和包膜下出血。男性患者可能对精子有一定的影响，一般三个月后可以恢复正常。因此，要严格掌握手术的适应症和禁忌症，注意患者是否有严重并发症。通常情况下，体外冲击波碎石术对肾脏和输尿管的损伤较轻，可在2周内自行恢复，安全可靠。