胃肠道间质瘤的治疗方法一般分为手术和药物治疗。外科治疗主要是指通过剖腹手术或腹腔镜手术局部切除肿瘤，如果肿瘤相对局限于一个器官或属于潜在可切除的间质瘤，外科切除是首选治疗原则。同时，胃肠道间质瘤对传统的化疗药物不敏感，胃癌和结直肠癌使用的一些化疗药物对胃肠道间质瘤没有影响。因此，可以考虑对胃肠道间质瘤进行一些靶向治疗。目前，胃肠道间质瘤的靶向治疗药物称为格列卫，可用于具有特定基因表型的胃肠道间质瘤的术前和术后辅助治疗。