盐酸氟桂利嗪在临床应用中，可能会出现一些副作用，其中一些较为常见，嗜睡和疲劳。此外，长期使用可导致抑郁症。其次是锥体外系的反应，表现为不自主的运动、下颌运动障碍和僵硬。此外，可能会出现失眠和焦虑，然后消化道的表现会表现为胃部的灼热、食欲减退、食物摄入增加、体重增加。少数病人可能会有皮疹，口干和肌肉疼痛。