阴茎根部右侧隐隐作痛可能是身体的生殖器官出现拉伤引起的，在平常时一定要对阴茎进行保护，因为阴茎这个生殖器官是相当脆弱的，有可能会出现一些疼痛或一些不适感，建议服用消炎药进行治疗来缓解疼痛的现象，最好到医院详细检查一下，再对症治疗。生活中要多注意休息，不要过度劳累。