肾结核的常见原因是继发于患者体内其他部位的结核病灶转移到肾脏。但许多病人在肺结核感染的早期可能不会表现出来，肺部损伤不多，但结核细菌潜伏在肺部，或者通过肺部进入血液，通过血液循环到肾脏，结核细菌固定在肾脏中，形成结核病灶并造成损害。如果肾脏被破坏，结核组织坏死或结核细菌通过尿液排入输尿管，就会导致输尿管结核，当到达膀胱时，形成膀胱结核，当到达尿道或前列腺时，会导致尿道或前列腺结核。