胃间质瘤的病因尚不清楚，但大多数胃间质瘤都有两个基因位点的改变，一个是C-kit，另一个是PDGFRA。这两个基因会发生突变，所以人类基因的突变是胃间质瘤的主要原因。突变主要与环境或其他诱变因素有关，如病毒、辐射、污染物、化学物质等。此外，环境中容易诱发基因突变，这可能是胃间质瘤的一些原因。胃间质瘤根据肿瘤大小和细胞分化程度可分为低、中、高风险复发。