金匮肾气丸和六味地黄丸都是补肾的中药，金匮肾气丸是用来治疗肾阳虚的药物，而六味地黄丸是治疗肾阴虚的药物。金匮肾气丸主要治疗腰膝酸痛，或是半身以下冷痛及夜间小便频多等症状。六味地黄丸主要治疗肾阴不足，以腰膝酸软，头目眩晕，耳鸣耳聋，盗汗遗精或骨蒸潮热，手足心热及消渴或虚火牙痛等症状。