手术是尿道下裂的唯一治疗方法。手术方法需要父母和医生达成共识。阴茎远端一期成形术可选择轻度和中度尿道开口。特殊情况需要两级操作。对于严重的尿道下裂，如会阴型、阴囊型、阴茎阴囊移位，建议分期手术。阴茎伸直后尿道成功率较高。尿道下裂手术时间为半年至一年。设定手术时间的依据是阴茎在半年内不发育，但在一年半内发育良好。