先天性食道闭锁由于胚胎期食管与气管发育异常，未形成完整食道，是新生儿严重的先天性畸形之一，常合并胸肺部畸形和其他各种畸形。病因病因不明，可能与食道与气管的共同起源有关。胚胎初期食管与气管均由原始前肠发生。胚胎3周时，原始前肠由两侧壁各出现两条纵脊。至胚胎5-6周时，纵沟加深，纵脊越来越近，最后融合成隔，将前肠分为两个管道，腹侧形成气管，背侧形成食管。