肾囊肿的治疗取决于囊肿的大小以及患者的身体和年龄。小于5厘米的囊肿不需要手术干预，因此随访可以完全完成。一般建议肾囊肿大于5厘米的患者进行干预。有两种干预方法，第一种是在超声引导下提取囊液，同时根据患者的病情，进行无水酒精等硬化疗法。第二种方法是通过腹腔镜去顶术去除囊壁帽。切除后，肾囊肿复发的可能性很小。如果多囊肾患者有较大的囊肿，可以将较大的囊肿斩首，以减少囊液对肾实质的压力，改善肾功能，并以微创方式减轻患者的症状。