十二指肠溃疡的治疗是抑制胃酸分泌，清除幽门螺杆菌感染。抑制胃酸分泌，可选择效果稳定的H2受体拮抗剂，如法莫替丁，雷尼替丁或西米替丁。或作用较强的质子泵抑制剂如奥美拉唑，雷贝拉唑，泮托拉唑。清除幽门螺杆菌，一般可以选择奥美拉唑或者枸橼酸铋钾，配合抗生素。常用的有克拉霉素，阿莫西林，甲硝唑，一般用药1到2周。