骶管囊肿多数是一种先天性的疾病，也有部分是后天的。后天获得的常继发于外伤，感染和肿瘤之后的黏连性蛛网膜炎。二者共同的发病机制是硬脊膜或者是蛛网膜的先天性或者是后天性薄弱，加之脑脊液静水压等因素形成与蛛网膜下腔相通的囊浆，脑脊液随着动脉搏动进入囊内，最终由于流出不畅导致。