肛窦炎在早期的症状并不是很明显，这是因为它属于肛门内腺体的炎症，患病之后，患者会感觉到肝肛门处有灼烧坠胀感，并伴有疼痛，感觉好像有什么东西存在似的；而肛瘘是肛周的肉芽性管道，常有肛门的脓肿病史，临床表现为持续或间断性流出少量脓液，血性或粘液性分泌物。肝肛窦炎是一种慢性疾病，它的病程较为缓慢，由于肛门内腺体是在肛门的深处，因此，肛窦炎的主要症状从外表是很难得到的；而肛瘘是一种急性炎症，当外口愈合后，瘘管中有脓肿形成以后，并发肛周脓肿，会出现肛门周围疼痛、肿块、流脓性分泌物。