射频消融可能存在一定的损害。轻度的可以造成心肌酶谱升高，肌酐蛋白阳性。严重的会引起心脏破裂穿孔，但是这严重的并发症非常少见。因为射频消融是通过股动静脉、颈内静脉、锁骨下静脉的途径，把电极导管插入心脏，用电生理标测技术找到心脏内异常电传导通道或异位搏动点，利用大头导管顶端的电极在心肌组织内产生阻力性电热效应，使心肌细胞干燥坏死，达到治疗快速性心律失常的目的。所以电能、热能和冷冻发放时，产生对心脏的损害，时间和强度要求医生应能合理控制，尽量避免心脏穿孔这种恶性并发症的发生。射频消融手术治疗终究是有风险性的。