手术治疗卵巢囊肿会很疼痛。因为这个手术要么是开腹进行，要么是做腹腔镜进行，这样都会破坏女性的皮肤和皮下组织，所以做这种手术都是要在麻醉下进行的，可以局部麻醉，也可以全身麻醉，相对来说，做全身麻醉和腹腔镜手术，对女性的创伤不但小，而且痛苦也比较小，手术以后恢复也比较快。卵巢囊肿手术在临床上是比较小的手术，在手术中只需要把囊肿剥离下来以后，然后切掉就可以了，手术以后需要做病理化验，看是什么性质引起的卵巢囊肿。