甲状腺囊肿和甲状腺结节主要的区别有可能是，病理性质方面的区别，一般囊肿多数是男性的，90%以上多数是由于甲状腺的一些良性病变，形成了一些囊性包裹，而甲状腺结节多数是由于甲状腺组织细胞发生增生或者是肿瘤，甚至出现一些恶性变的一些结节，是属于实性的结节，因此，对于甲状腺囊肿和结节，要想彻底的区别，也可以考虑应用彩色超声进行探查的方式来进行具体的鉴别。通过超声能够看到囊肿或者是结节的大小、形态、密度以及血流信号等多方面的探查，有助于对甲状腺囊肿和甲状腺结节进行具体的判断，然后采取合适的治疗方案。