肛门囊肿一般建议手术，因为药物治疗效果不明显。一旦发生，建议尽快治疗，以免病情恶化。如果单个囊肿小于两厘米，创伤相对较小，这是一个小手术；如果是多发性囊肿，大于5厘米，或伴有其他严重并发症，手术比较复杂，在门诊手术风险大，难度大。由于疼痛明显，建议在全麻或者腰麻手术，需要住院治疗。根据囊肿的范围、大小和严重程度等因素，应在医生的指导下选择门诊或住院治疗。