胃肠道间质瘤靶向治疗药物一些副作用，最常见的是水和钠潴留，表现为眼睑或下肢水肿；其他是胃肠道不良反应，如恶心、厌食、腹泻等；还有表现如粒细胞减少、肾功能损害、皮肤过敏、肌肉关节痛等。在大多数情况下，这些副作用是患者可以忍受的，一些严重的副作用可以通过对症治疗或停止用药来缓解。