胃肠道间质瘤是一种起源于胃肠道间质组织的原组织肿瘤，不同于平滑肌瘤，不是神经源性肿瘤。病程可短至几天或长达20年，其发病率约占胃肠道肿瘤的1%。高危人群是40-80岁的成年人，男性多于女性。2005年左右在瑞典进行的一项研究发现，它发生在1万名正常人身上。