胃间质瘤有两种主要的手术方法。一种是传统的开放手术，即在腹壁上开一个切口，在直视下完全切除肿瘤。这种手术具有创伤大、术后恢复时间长的缺点。另一种是腹腔镜手术切除，即微创钻孔手术，即在切除肿瘤之前先打开腹壁，然后通过腹壁孔将袋子包裹并取出。这种手术方法可以避免腹腔内肿瘤的损伤、植入和转移，创伤小。对于大于5厘米的间质瘤，一般建议剖腹手术，以确保肿瘤切除完整，避免损伤。