原发性胆管结石与感染、胆汁淤积和胆道蛔虫有关。胆道感染一般是逆行性胆道感染，如胆总管结石或反流性食管炎，会导致胆管感染，进而导致胆管和胆囊结石的形成。继发性胆管结石是指胆结石排入胆管，或肝内胆管结石落入胆管，导致肝内或肝外胆管形成小结石，并逐渐增多而形成大结石。在严重的情况下，它们会阻塞总胆管并形成胆管炎。