胃肠间质瘤病理诊断标准包括：1 .CD117阳性可诊断为间质瘤；2.CD117为阴性，但DOG1基因为阳性，可诊断为间质瘤；3.如果CD117和DOG1基因均为阴性，则有必要检测c-kit基因和PDGFR基因。如果检测呈阳性，也可以诊断为间质瘤；4.CD117和DOG1基因均为阴性，但没有基因突变，因此有必要排除神经源性肿瘤或平滑肌源性肿瘤，从而使间质瘤的诊断成为可能。