肛瘘手术后愈合需要多长时间取决于伤口的大小、瘘管的深度以及是否挂线。一般来说，伤口越浅，恢复越快。因此，单纯肛瘘、皮下瘘和直肠瘘，进行手术，通常可在2周左右治愈。高位肛瘘和复杂性肛瘘由于其瘘道弯曲、瘘道多、瘘道复杂、术后伤口长且深、术后换药时间较长，可能会出现多处伤口，一般需要2-3个月左右才能完全愈合。