胃肠道间质瘤的预后主要根据其风险等级来判断。早期或的间质瘤被完全切除，大多数可以治愈，很少复发；胃肠道间质瘤的复发和转移是晚期表现，主要是肝转移，其他部位的转移很少发生；对于恶性潜在未明的间质瘤，术后复发率低，预后好；对于恶性间质瘤，术后有一定的复发和转移率，因此有必要结合靶向药物进行术后辅助治疗，以提高患者的五年生存率。