小儿肛瘘主要通过手术治疗，手术方法多种多样。瘘管切开术或挂线疗法是可行的。然而，需要注意的是，与成人相比，婴儿肛瘘相对少见，大多数患有肛周脓肿的儿童在经过合理、规范的治疗后，可以避免发展为肛瘘。肛周脓肿可以在门诊治疗。脓肿可以切开或破裂，然后将伤口扩大以避免伤口愈合过快，因为儿童的愈合能力比成人强。如果脓肿中的污染物不清除，疾病可能会再次复发。