原发性肝癌有多种分类方法。根据大体形态，可分为小肝癌和大肝癌。小肝癌一般指两厘米以内的肿瘤，大于五厘米的肿瘤指大肝癌。另一种分类是基于肝肿瘤的特征，可分为肿块型、结节型和浸润型。肿块型一般指单发肝癌；结节型常为多发性、多发性结节型肝癌；弥漫型像炎症一样扩散到整个肝脏。此外，根据细胞来源，可分为肝细胞型原发性肝癌、胆管细胞型原发性肝癌和来源于这两种类型的混合型肝癌。