一旦诊断出肛瘘，应尽快进行手术。手术治疗可以减少局部反复化脓，防止复杂肛瘘的形成，减轻患者痛苦，保持肛门功能不受影响，防止肛瘘癌变。保守治疗只能缓解症状，但不能完全治愈。肛瘘的传统手术方法包括肛瘘切开术、肛瘘切除术和肛瘘缝合术。低位单纯性肛瘘一般可采用肛瘘切开术或肛瘘切除术，高位肛瘘应采用挂线技术治疗。目前治疗肛瘘的新方法，包括括约肌瘘管结扎法、肛瘘栓法和纤维蛋白胶注射疗法，都不能损伤肛门括约肌，但复发率较高，费用较高。