肛瘘术后脓液的恢复时间与肛瘘的类型和创伤的大小有关。如果创伤小，表皮会在一个月左右恢复，脓液不会流出；如果创伤较大，恢复时间为两到三个月甚至半年；但是，手术过程中对肛门直环的过度损伤会导致不可逆转的肛门损伤和一系列的心理和经济负担，因此手术时应充分保护肛门“肛门直环”的核心结构；目前，常用的手术方法主要分为两大方向：括约肌保留术和括约肌切开术。