儿童有多种消化道畸形，因为整个消化道都可能畸形。常见的消化道畸形包括十二指肠闭锁、十二指肠狭窄、幽门梗阻、空肠闭锁、回肠闭锁、结肠畸形等。儿童消化道畸形可发生在消化道的任何部位，儿童的症状与疾病部位有关。正常情况下，上消化道畸形患儿会出现严重的呕吐症状，而下消化道畸形患儿会出现明显的腹胀和排便困难。儿童消化道畸形通常通过手术治疗。目前最常用的手术方法是微创手术，其复发率低，治愈率达80%以上。