肛瘘的治疗主要是手术治疗。外科手术的原则是彻底切开或切除瘘管，并形成开放性伤口以促进其愈合。主要手术方法：1 .瘘管切除术一般用于低位肛瘘，术后效果好，不易复发；2.肛瘘挂线疗法一般适用于低位或高位的单纯性肛瘘，距肛门3-5厘米，有内、外开口，或作为复杂性肛瘘切开切除的辅助治疗。它最大的优点是不会造成严重的肛门失禁，并且具有操作简单、出血少、换药痛苦小的优点。