正常情况下，肛瘘手术后不会复发。如果手术后三到五个月在手术部位出现肿块，可能是假愈合，应及时引流以促进伤口愈合；如果排除假愈合，且局部长期流水、出血或脓证明肛瘘复发，则应再次治疗；对于高度复杂的肛瘘，内口不清、分支多者术后可能复发；有些病人在手术中损伤肛门括约肌，可能会出现大便控制异常。