肛瘘手术不缝合，因为肛门是排便器官，经常被粪便污染，缝合后会造成伤口引流不畅，从而导致感染加重。大多数肛瘘手术都会打开创面，使其自然愈合；目前，常用的手术方法主要分为两大方向：括约肌保留术和括约肌切断术；保肛方法包括：取心法、挂线浮线法、肛瘘切除术和粘膜瓣成形术等括约肌切开术。目前挂线疗法仍是治疗高位肛瘘的重要手段。