高位复杂的肛瘘通过手术治疗。手术方法有以下几种。切割和穿线手术：用于克罗恩病引起的肛瘘，这种手术可能会给患者带来严重的后果，也不是临床治疗的首选。全括约肌保留术：具体手术方法包括瘘管切除、瘘管结扎手术和三间隙引流手术。全括约肌保留术可以降低术后肛门功能损伤的程度，是目前治疗高度复杂肛瘘的首选方法。