肛瘘的主要原因是细菌感染，细菌通过肛门隐窝感染后，通过肛腺导管到达肛门和直肠周围的缝隙，使其感染后化脓。脓液在被切开、排出或自行破裂后，会从肛门附近的皮肤中流出。从肛门隐窝到皮肤，由于肛门隐窝与直肠相连，经常有一些粪便残渣，细菌会反复从这里滴下，从而形成肛瘘。