肛门闭锁的常见并发症是泌尿系统疾病。由于泌尿系统的病变对肾脏有很大的影响，容易引起肾积水、肾脏发育不良等疾病。患有严重肛门闭锁的儿童甚至可能有与脊柱和神经系统相关的并发症。肛门闭锁的术后并发症主要是肛门狭窄和大便失禁。此外，尿道瘘也可能发生。一旦瘘管复发，就更难再次手术。