直肠炎的药物治疗应根据其主要病因和病情选择，一般可分为病因治疗和对症治疗。如果直肠炎是由慢性细菌感染引起的，有必要口服敏感的抗生素。临床上常用的有甲硝唑、阿莫西林、喹诺酮或头孢菌素。如果是溃疡性直肠炎，一般需要服用水杨酸制剂或皮质类固醇如柳氮磺胺吡啶和氢化可的松。如果是局限性直肠炎，使用肾上腺皮质激素，控制急性期症状，使用柳氮磺吡啶维持或使用免疫抑制剂。此外，患者需要修复肠粘膜，如口服谷氨酰胺肠溶胶囊。