肛瘘很难自愈，需要手术治疗。常用的手术方法包括瘘管切开术、肛瘘切除术和肛瘘挂线术。瘘管切开术是一种通过肉芽组织生长打开所有瘘管并使伤口愈合的方法，适用于浅表性肛瘘；肛瘘切除术是切断瘘管，切断所有瘘管壁至健康组织，适用于单纯性肛瘘；肛瘘挂线技术是一种利用橡皮筋或腐蚀性药物线的机械压迫缓慢切开肛瘘的方法，适用于复杂肛瘘和单纯性肛瘘。