肛门闭锁主要通过手术治疗，可通过内镜治疗，以提高今后儿童的生活治疗水平。由于肛门闭锁患儿病变复杂，儿童身体各器官发育异常，手术较为复杂。主要方法是先造瘘，先解决排便问题，防止并发症，然后进行肛门成形术。目前，腹腔镜手术普遍用于该手术，其优点是创伤小、出血少、操作简便。