肛门囊肿是单个囊肿小于2厘米，且创伤较小，属于小手术；如果是多发性囊肿，大于5厘米，或伴有其他严重并发症，手术比较复杂，在门诊手术风险大，难度大。由于疼痛明显，建议在全麻醉条件下手术，需要住院治疗。根据囊肿的范围、大小和严重程度等因素，应在医生的指导下选择门诊或住院治疗。